حسابرسی مالیاتی مبتنی بر ریسک بر ارزیابی فرآیند تجاری و پردازش استراتژیک و ارزیابی اهداف، ریسک ها و کنترل های سازمان، متمرکز است. حسابرسی مالیاتی با شناسایی، ارزیابی و نظارت بر ریسک شرکت، به کسب اطمینان از کفایت منابع و اینکه آنها بر اولویت ها متمرکز هستند، کمک می کند. هدف اصلی این پژوهش بررسی تأثیر پیاده سازی حسابرسی مالیاتی مبتنی بر ریسک بر کارآیی حسابرسی در شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار در تهران طی سه ماهه سوم سال 1393 می باشد. متغیر پیاده سازی نظام حسابرسی مالیاتی مبتنی بر ریسک به عنوان متغیر مستقل و کاهش اشتباهات انسانی ممیزی، کاهش هزینه حسابرسی مالیاتی، کارایی و اثر بخشی بیشتر سرمایه انسانی و کاهش فساد احتمالی در روابط بین ممیز و مودی به عنوان متغیرهای وابسته می باشد. جامعه آماری این پژوهش عبارتست از روسای حسابرسی داخلی تمامی شرکت های خصوصی و عمومی و دولتی، مالی و غیرمالی بورسی که دارای واحد حسابرسی داخلی می باشد که از طریق جدول مورگان تعداد 181 نفر به عنوان نمونه آماری انتخاب شده اند. روش پژوهش از نوع توصیفی پیمایشی با رویکرد کاربردی می باشد. روش گردآوری اطلاعات از روش کتابخانه ای و پیمایشی بوده است. روش آماری تحقیق از روش آزمون همبستگی و تی تست تک نمونه ای می باشد. نتایج تحقیق نشان داد پیاده سازی نظام حسابرسی مالیاتی مبتنی بر ریسک بر کاهش اشتباهات انسانی ممیزی، کاهش هزینه حسابرسی مالیاتی، کارایی و اثر بخشی بیشتر سرمایه انسانی و کاهش فساد احتمالی در روابط بین ممیز و مودی تأثیر مثبت و معناداری دارد.