هدف از تحقیق حاضر ارتباط بین هوش معنوی و هوش فرهنگی با بهره وری کارکنان پژوهشگاه تربیت بدنی و علوم ورزشی بود. روش تحقیق از نوع همبستگی بود. جامعه آماری این تحقیق کارکنان پژوهشگاه بوده و به علت محدود بودن جامعه، نمونه آماری برابر با جامعه (36= N=n) در نظر گرفته شد. جهت گردآوری داده ها از سه پرسشنامه هوش معنوی با پایایی (86/0= α)، هوش فرهنگی با پایایی (72/0=α) و بهره وری سازمانی با پایایی (95/0=α) استفاده شد. برای تجزیه و تحلیل داده ها، از آزمون کلموگروف – اسمیرونوف برای تعیین توزیع طبیعی داده ها، و آزمون های t مستقل، تجزیه و تحلیل آنوای یک طرفه (ANOVA) و آزمون تعقیبی توکی و برای الگوریتم مدل اندازه گیری و الگوریتم مدل ساختاری از طریق نرم افزارهای SPSS وPartial Least Square(PLS) در سطح معنی داری) 05/0≥P) استفاده گردید. نتایج نشان داد که الگوریتم مدل اندازه گیری تمامی شاخص های هوش معنوی و هوش فرهنگی مورد تایید بوده و در حد قابل قبولی قرار دارد. میزان رابطه هوش فرهنگی و بهره وری(10/3= t،40/0=r) و میزان رابطه هوش معنوی و بهره وری (76/2= t،47/0=r) نیز مورد تایید بوده و در حد قابل قبولی قرار دارد. بین هوش فرهنگی و سن کارکنان(05/0≥ P،10/0= r)و بین هوش معنوی و سن کارکنان (05/0≥ P ،17/0= r) و بین بهره وری و سن کارکنان (05/0≥ P،25/0= r) ارتباط معنی داری وجود ندارد. همچنین نتایج حاکی از آن بود که بین هوش فرهنگی براساس جنسیت (05/0≥P و 26/2- = t) تفاوت معنی داری وجود دارد. اما بین هوش معنوی براساس جنسیت (05/0P ≥ و 09/0 = t) و بهره وری کارکنان براساس جنسیت (05/0P ≥ و 47/1- = t) تفاوت معنی داری وجود ندارد. از طرفی، بین هوش فرهنگی براساس مدرک تحصیلی (05/0P≤ و 40/3=F) تفاوت معنی داری وجود دارد. بنابراین با توجه میزان متوسط بهره وری کارکنان پ ژوهشگاه تربیت بدنی، مدیران توجه بیشتری به این مهم داشته باشند.