پیش فرض های علم، هم در ساختار درونی و هم در ساختار بیرونی علم تأثیرگذارند. بر این اساس، پیش فرض های متفاوت به تولید علومی که هم از لحاظ شکل و هم از حیث محتوا متفاوتند منجر می شود. چون پیش فرض ها با مسائل درون علم رابطه منطقی دارند، محتوای درونی یک علم با تغییر پیش فرض های آن تغییر می کند و این تغییر تنها در سطح بیرونی و صورت بندی علم باقی نمی ماند. بررسی پیش فرض های علم، به ما این امکان را می دهد که مبانی هستی شناختی و معرفت شناختی یک علم را به حوزه مسائل و نظریه های آن مربوط کرده، در صورت ناهماهنگی بین آنها به نقد روش شناختی آن بپردازیم. از دیدگاه پوزیتیویسم، ذهن، لوح سفید است، تجربه مرحله ابتدایی استقراء است و قاعده مندی طبیعت پیش فرض انگاشته می شود. پوزیتیویسم همچنین هر نوع بدیهی را انکار می کند و معیار تفکیک در علوم را روش می داند. حال آنکه از دیدگاه ملّاصدرا، احساس در فرایند علم طبیعی شرط لازم است نه کافی. ملّاصدرا، تجربه را نوعی از برهان دانسته و پای تجربه را در قانون علّیت مستحکم می کند و در تفکیک علوم بیشتر بر موضوع تأکید دارد. در این مقاله از روش توصیفی تحلیلی استفاده شده است.
