دفاع میرزای نائینی از مشروطه در حقیقت، دفاع از اندیشه تشکیل یک نهاد مردمی به نام «مجلس» بود تا از این رهگذر، دامنه قدرت استبدادی پادشاه را محدود سازد. از این رو، نظام مشروطه از نظر میرزای نائینی، هرگز نظامی مطلوب و آرمانی نیست؛ چراکه باید معصوم علیه السلام در رأس حکومت باشد، اما در زمان غیبت، این منصب را فقهای جامع الشرایط، یعنی نواب عام، عهده دار میگردند. به همین دلیل، بجاست تحقیقی پیرامون ادلّه نائینی در دفاع از وجود مجلس در حکومت طاغوت صورت پذیرد. البته در گزارش دیدگاه های ایشان، باید بر روش توصیفی و در بررسی آنها بر روش عقلی و نقلی متمرکز شد، تا مشخص گردد مرحوم نائینی که شرایط تشکیل نظام آرمانی را محقق نمیدانست، به عنوان یک مجتهد اصولی، فقط دغدغه اصلیاش این بود که چگونه میتواند براساس اندیشه دینی و مقتضیات زمان، اصول نظری شیعه را تعمیم دهد. بر همین اساس، طبق دلایلی که ارائه نمود، مشروعیت مجلس شورای ملی در زمان طاغوت را پایه ریزی کرد.