نظام سیاسی و حکومت یکی از بنیادی ترین و پرمناقشه ترین مباحث اندیشه سیاسی تاریخ اسلام است و عالمان و فقیهان، به ویژه عالمان شیعه برای حفظ اسلام و صیانت از مسلمین و جوامع اسلامی آرای گوناگونی را در این باب ارائه داده اند. آخوند خراسانی به عنوان یکی از برجسته ترین رهبران نهضت مشروطه و هدایت گر جنبش بیداری اسلامی از این حیث از جایگاه خاصی در جهان اسلام برخوردار است. ایشان با صدور احکام حکومتی متعددی در ساحت های سیاسی، فرهنگی و اجتماعی و قضایی به حمایت و هدایت مردم و جامعه پرداخت. صدور این احکام براساس نیابت و ولایتی است که مرحوم آخوند در برخی از احکام خود بدان اشاره فرموده است. پژوهش حاضر بر آن است تا با روش تحلیلی توصیفی و با بهره گیری از اسناد کتابخانه ای به بررسی مهم ترین احکام حکومتی آخوند خراسانی در حمایت از استقلال و اسلامیت آن، ازجمله حکم جهاد علیه متجاوزان روسی و انگلیسی، سرنگونی محمدعلی شاه، تحریم خرید کالای خارجی، احکام حکومتی در باب مشروطیت و موارد دیگر بپردازد.