هرچند منابع دینی ما اعم از قرآن و سنت معصومان علیهم السلام مخاطبان خود را به تعقل و تفکر دعوت نموده، و اندیشه ورزان مسلمان نیز عقل را به عنوان ابزاری مطمئن برای دستیابی انسان به معرفت لحاظ نموده اند، اما درباره حدود و گستره توانایی های عقل و نیز نقش و جایگاهی که عقل در منظومه معرفت دینی می تواند ایفا نماید، اختلاف نظر جدی میان متفکران اسلامی مشاهده می شود. علّامه طباطبائی با پرهیز از هرگونه افراط و تفریط در این مسئله، ضمن اینکه برای عقل در منظومه معرفت دینی نقش و جایگاهی رفیع قایل شده، و حتی حقانیت احکام قطعی عقل را مبنای حقانیت دین معرفی نموده اند، در عین حال، نسبت به محدودیت های ادراکی عقل در برخی از حوزه های معرفتی دین نیز بی توجه نبوده، و در آثار و نوشته های خود به ویژه تفسیر المیزان آن محدودیت ها را مورد تذکر قرار داده اند.