ولایت فقیه به عنوان مهم ترین تأسیس حقوقی در نظام جمهوری اسلامی ایران در اعمال مستقیم و غیرمستقیم قدرت سیاسی نقش بسیار مهمی دارد. اصلی ترین کارویژه های آن، نظارت عالی بر کلیه ارکان نظام و از جمله قوای سه گانه و هماهنگ کننده و تنظیم کننده روابط و حل اختلاف میان آنهاست که به طرق مختلف انجام می شود. تفکیک قوا نیز از جمله مفاهیم پذیرفته شده و پیاده سازى شده در سازماندهى کلان نظام حکومتى جمهوری اسلامی ایران است. سوال این است که نقش و جایگاه ولایت فقیه و ارتباط آن با تفکیک قوا در حقوق اساسی جمهوری اسلامی ایران چگونه است و مناسبات میان آنها به چه شکلی تعریف می گردد؟ تفکیک قوا در جمهوری اسلامی ایران، تکنیکی است که قوای سه گانه و دیگر نهادها باید در چارچوب آن و با ویژگی های خاص خود اعمال قدرت نمایند لکن ولایت فقیه یک تکنیک نیست، بلکه تنها شیوه مشروع حکومت از نظر شیعه در عصر غیبت است. بنابراین از نظر جایگاه، اصل ولایت فقیه بر اصل تفکیک قوا تقدم دارد. از این رو، قدرت و قلمرو اقتدار ولی فقیه بسیار گسترده بوده و تفکیک قوا نیز تنها ابزاری در خدمت او برای اداره بهتر حکومت است.