مقدمه: کاربردی بودن دروس علوم پایه یکی از موضوعات مهم و مورد بحث در زمینه آموزش پزشکی است. در همین راستا، این مطالعه با هدف معرفی روش نوین آموزش و ارزیابی میزان رضایت دانشجویان دندان پزشکی در دو مقطع علوم پایه و بالین درباره شیوه تدریس انگیزشی - کاربردی درس قارچ شناسی پزشکی مورد بررسی قرار گرفت. روش ها: مطالعه توصیفی مقطعی حاضر طی سه سال)۱۳۹۴-۱۳۹6 (با اجرای روش تدریس انگیزشی-کاربردی درس قارچ شناسی پزشکی برای دانشجویان دندانپزشکی دانشگاه علوم پزشکی قم، میزان رضایتمندی 41 دانشجوی علوم پایه و 53 دانشجوی مقطع بالین دانشکده دندانپزشکی در مورد کاربردی بودن درس قارچ شناسی پزشکی ارزیابی شد. اطلاعات از طریق تکمیل پرسشنامه ای مشتمل بر پنج هدف که با سوالات متناسب پرسیده شد، عبارتند از: میزان اهمیت درس قارچ شناسی پزشکی، توجه به پژوهش محور شدن دانشجو، کاربردی بودن تدریس، تعمیق و معنا دار بودن یادگیری و ایجاد نگرش خوب دانشجویان نسبت به این درس، جمع آوری شد. در مطالعه حاضر از روش های آمار توصیفی و آزمون تی مستقل در نرم افزار SPSS 24 در تحلیل داده ها استفاده گردید. سطح معناداری 05/0 درنظر گرفته شد. یافنه ها:از نظر دانشجویان هر دو مقطع علوم پایه و بالین شرکت کننده در این بررسی، درس علوم پایه ای قارچ شناسی پزشکی دارای کاربرد کلینیکی می باشد. در مقایسه بین پاسخ دانشجویان بالین و علوم پایه، میزان رضایتمندی در دانشجویان بالین (04/0 ± 84/2) با اختلاف معناداری نسبت به علوم پایه (05/0 ± 64/2) بیشتر بود. (002/0p-value=). به علاوه میانگین نمرات برای اهداف و سوالات مربوطه به طور معناداری برای مقطع بالین از علوم پایه بیشتر شد (p ≤ 0.05). نتیجه گیری: استفاده از شیوه تدریس حاضر موجب تعمیق یادگیری دانشجویان از درس می گردد. بنابراین با توجه به نیاز آینده دندانپزشکان، بازنگری در روشهای فعلی آموزش دروس علوم پایه دندان پزشکی به سمت کاربردی نمودن آنها، ضروری می باشد.