مقدمه: با توجه به هم زمان بودن آموزش و درمان در بیمارستان های آموزشی و تاثیرپذیری از یکدیگر و اهمیت نقش درمانی و آموزشی دستیاران در بیمارستان های آموزشی، کیفیت آموزش دستیاران تخصصی تحت تاثیر این طرح قرار گرفته است. هدف از این مطالعه شناسایی و تبیین عوامل تاثیرگذار بر کیفیت آموزش دستیاری تخصصی در اجرای طرح تحول سلامت است. روش ها: مطالعه کیفی حاضر با رویکرد تحلیل محتوا در بهار 1398 بر روی 24 نفر از مدیران، استادان و دستیاران دانشگاه علوم پزشکی مشهد به روش نمونه گیری هدفمند و تا رسیدن به اشباع نظری و با رعایت محرمانه بودن اطلاعات انجام شد. داده ها به روش مصاحبه نیمه ساختار یافته جمع آوری، و با نرم افزار MAXQDA10 سازماندهی و مقوله بندی و تحلیل شد. یافته ها: داده ها در سه محور اصلی بارِ درمانی، آموزش بالینی، نظارت بر فرآیند و 9 محور فرعی اولویت درمان بر آموزش، افزایش تعداد بیماران، اخلاق حرفه ای(خطای پزشکی، رضایتمندی)، مهارت دستیاران، آموزش استاد به دستیار، آموزش تئوری، ضعف مدیریت و کارشناسی طرح، عدم تفکیک صحیح بودجه و زمان آموزش و درمان و پژوهش، ضعف تخصیص منابع و امکانات استخراج شدند. نتیجه گیری: یافته ها پژوهش نشان داد در اجرای طرح تحول نظام سلامت، کیفیت آموزش پزشکی تخصصی در سه بعد بارِ درمانی، آموزش بالینی، نظارت بر فرآیند از این طرح تاثیر پذیرفته است. با توجه به این ابعاد، لزوم توجه به بحث آموزش پزشکیِ دستیاران تخصصی در بیمارستان های آموزشی در مراحل بعدی اجرای این طرح و یا طرح هایی از این قبیل، ضروری است. واژگان کلیدی: طرح تحول نظام سلامت، کیفیت آموزش دستیاری، دستیار