مقدمه: فناوری اطلاعات و ارتباطات موجب ظهور شیوه های نوین آموزش و یادگیری شده است. یادگیری الکترونیکی نیز یکی از شیوه های نوین یادگیری در عصر حاضر است؛ بنابراین برای کارآمدی سیستم یادگیری الکترونیکی باید آسیب هایی که بر سر راه آن وجود دارد را شناسایی و مرتفع نمود. هدف پژوهش حاضر نیز تبیین آسیب های نظام یادگیری الکترونیکی در آموزش پزشکی است. روش کار: در این پژوهش از روش تحلیل محتوای کیفی با رویکرد استقرایی از نوع مقوله بندی استفاده شد، جامعه آماری پژوهش را دانشجویان دوره کارشناسی ارشد دوره یادگیری الکترونیکی دانشکده آموزش پزشکی دانشگاه شهید بهشتی تهران تشکیل می داد که از روش نمونه گیری هدفمند برای انتخاب آنها استفاده شد و تعداد 60 نفر به عنوان نمونه پژوهش انتخاب شدند. ابزار پژوهش مصاحبه نیمه ساختار یافته بود و طول مدت هر مصاحبه از 20 دقیقه تا یک ساعت متغیر بود، انجام مصاحبه با کل دانشجویان یک هفته یه طول انجامید. همچنین تعداد 20 مقاله و 2 کتاب در این زمینه مورد بررسی قرار گرفت و تحلیل ها تا حد اشباع ادامه یافت. واحد ثبت در این پژوهش مضمون در نظر گرفته شد. در انتهای با استفاده از روش تحلیل محتوای استقرایی و با مقایسه مستمر کدهای به دست آمده، 7 مقوله و 32 زیر مقوله به دست آمد و مشخص شد که آسیب های سیستم یادگیری الکترونیکی دانشکده آموزش پزشکی تحت عنوان 7 مقولات اصلی که عبارتند از محتوا، دانشجو، استاد، برنامه ریزی، پشتیبانی، فناورانه، فنی طبقه بندی شدند. یافته ها: با توجه به یافته های پژوهش، سیستم یادگیری الکترونیکی دانشگاه های آموزش پزشکی به عنوان یک نظام نوین در عرصه آموزش و یادگیری، دارای آسیب های متعددی است و دانشگاه های آموزش پزشکی باید سعی کنند تا با شناسایی آسیب های هر بخش سیستم یادگیری الکترونیکی، نسبت به رفع آسیب ها اقدام و زمینه پیشرفت یادگیری الکترونیکی را فراهم نمایند. نتیجه گیری: این پژوهش می تواند راهنمای عمل مدرسان و طراحان آموزش الکترونیکی جهت افزایش اثربخشی دورهای یادگیری الکترونیکی در آموزش پزشکی و در نهایت یادگیری مؤثرتر قرار گیرد.