گمرک جمهوری اسلامی ایران، یکی از سازمان های مؤثر در حوزه تجارت و اقتصاد است. از طرفی تعدد و پراکندگی واحدهای گمرکی موجب شده تا از سرمایه های فیزیکی و انسانی، به طور مطلوب استفاده نگردد. لذا مطابق ماده ۱۰۶ قانون برنامه پنجم توسعه،مقرر شد تا پایان سال سوم برنامه، حداقل سی درصد از گمرکات کم فعال کشور کاهش یابد، در این خصوص بحث عملکرد و کارایی واحدهای گمرکی حائز اهمیت است. هدف این تحقیق، تعیین میزان کارایی و تحلیل علت نا کارایی واحدهای گمرکی غیرمرزی است. براین اساس ۲۳واحد گمرکی از میان ۱۴۲ واحد، از حیث تشابه فعالیت، انتخاب و سه متغیر ورودی و چهار متغیر خروجی تعیین و ابتدا با استفاده از مدل BCC تحلیل پوششی داده ها، کارایی واحدها، اندازه گیری می شود. سپس مدل اصلی تحقیق با در نظر گرفتن دو مؤ لفه اساسی برای هر گمرک بر مبنای DEA چند مؤ لفه ای ایجاد و کارایی مؤ لفه ها برای هر واحد محاسبه و تحلیل می گردد. نتایج نشان می دهد، گمرکات سمنان، شهرکرد و همدان با لاترین رتبه کارایی و گمرکات اهواز، شیراز و زاهدان پایین ترین رتبه را کسب نمودند. همچنین دو متغیر تعداد پروانه های صادره و میزان درآمد وصولی بیشترین تأثیر را بر کارایی واحدهای گمرکی دارند.