برای ارتقای کیفیت خط مشی های عمومی و افزایش ظرفیت آن، کانون های تفکر راهبردی نقشی اساسی دارند و نحوه سازمان دهی آن ها یکی از عوامل تعیین کننده این نقش است. لذا برای شناخت سازمان دهی متناسب با اهداف کانون های تفکر راهبردی و سایر شرایط متغیر محیطی، اقتصادی، اجتماعی و... ضرورت دارد تا در دوره هایی معین در سازمان دهی آن ها بازنگری شود و در هر بازنگری موانعی که در کاهش اثربخشی کانون ها بیشترین نقش را دارند شناسایی شوند وبا رفع آن ها، رقابت و تلاش کانون های تفکر راهبردی برای ارتقای ظرفیت خط مشی های عمومی افزایش یابد. در این راستا برای شناخت سازمان دهی اثربخش کانون ها، موانع سازمان دهی آن ها، از طریق ادبیات تحقیق و مبانی نظری آن احصاء و در قالب پرسشنامه ای بین نمونه ای از اعضای هیات علمی دانشگاه ها توزیع شد. نتایج تحقیق که از آزمون تی و فریدمن به دست آمده است، نشان می دهد که برخی موانع مهم ترین تاثیر را در عدم اثربخشی سازمان دهی آن ها دارد. همچنین بین سازمان دهی کانون ها و اثربخشی آن ها رابطه مستقیم و قوی وجود دارد. از سوی دیگر سه عامل نیز به عنوان موانع سازمان دهی اثربخش کانون ها تلقی نشده و مورد تایید قرار نگرفته اند که در بحث و نتیجه گیری به آن ها پرداخته می شود و در انتها نیز پیشنهادهای تحقیق ارائه می گردد.