مونتاژ جریان کارگاهی دو مرحله ای با در نظر گرفتن زمان آماده سازی، یکی از مسائل جدید زمانبندی تولید است. در این مساله قطعات در مرحله اول در یک سیستم جریان کارگاهی تولید و سپس در مرحله دوم قطعات تولیدی مونتاژ میشوند. هدف از حل این مساله ارائه توالی بهینه تولید قطعات و مونتاژ انها است، به طوری که زمان تکمیل آخرین سفارش کمینه شود. با توجه به جدید بودن موضوع، تاکنون مدل مناسبی برای حل این مساله ارائه نشده است. این مقاله ابتدا به بررسی مدل موجود می پردازد و سپس یک مدل برنامه ریزی خطی عدد صحیح مختلط برای حل مساله ارائه می دهد. سپس برای حل موثر این مساله، دو الگوریتم فراابتکاری رقابت استعماری و ژنتیک ارایه می شود. در ادامه عملکرد مدل و الگوریتم ها ارزیابی می شوند. نتایج نشان می دهد الگوریتم رقابت استعماری عملکرد بهتری دارد.