کیفیت بقاء نفس در دستگاه فلسفی ملاصدرا شکل منحصر به فردی دارد. به گونه ای که تنها برای برهانی کردن اصل معاد به کار نمی رود، بلکه افزون بر آن تحلیل قابل قبولی از بقاء هویت بدن و نفس در جهان دیگر - برای تبیین آموزه معاد جسمانی- پیش رو می گذارد. او در این راستا بسیاری از اصول فلسفی خود از جمله چگونگی حدوث نفس، ترکیب اتحادی نفس و بدن، حرکت جوهری در وجود انسان و چگونگی رابطه نفس و بدن را در ارائه تبیینی جامع از بقاء نفس به کار می گیرد و نه تنها برهانی عقلی بر بقاء نفس ارائه می کند، بلکه از چگونگی رابطه سیال نفس و بدن نیز بر بقاء نفس استفاده می کند. آن چنان که از مجموع اصول و عبارات او برمی آید نفسی که او بقاء آن را ثابت می کند نه تنها شامل تمامی مراتب نفس، بلکه حتی شامل بدن انسان به عنوان مرتبه نازله نفس نیز می شود. از همین رو به نظر می رسد او توانسته با استفاده از تحلیل چگونگی بقاء نفس، آموزه معاد جسمانی را برهانی کند.