در پژوهش حاضر سعی شد با بهره گیری از روش تحلیل محتوی کیفی و با نمونه گیری هدفمند و به وسیله مصاحبه نیمه ساختاریافته با 14 نفر از خبرگان و صاحب نظران علمی و اجرایی و درکی نظام مند از مسائل موجود در سیاستگذاری تولید علم نافع در نظام آموزش عالی کشور ارائه گردد. در گام بعدی، مسئله بندی و لایه بندی مسائل از طریق اجرای گروه کانونی و با مشارکت 6 نفر از افراد شرکت کننده در مصاحبه های نیمه ساختار یافته انجام یافت. مصاحبه های انجام شده در هر دو مرحله (نیمه ساختاریافته و گروه کانونی) ضبط شدند و به شیوه مبتنی بر الگوی گرانهایم و لاندمن (2004) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. یافته های پژوهش نشان داد که مسائل سیاستگذاری تولید علم نافع را می توان در هشت مضمون (مسئله)؛ «ضعیف بودن پیوند بین دانشگاه و جامعه»، «نبود نظام نظارت و اعتبارسنجی مناسب برای رتبه بندی و تضمین کیفیت نهاد های علمی»، «ناکارآمدی نظام ارتقاء مرتبه اعضای هیئت علمی در جهت دهی فعالیت های اعضای هیئت علمی به سمت نیاز ها و مسائل کشور»، «نبود نظام مدیریت ملی و یکپارچه پژوهش در کشور»، «ناکارآمدی شیوه تأمین و تخصیص منابع مالی پژوهش»، «پایین بودن منابع مالی و اقتصادی اختصاص یافته به پژوهش و تولید علم»، «مبتنی نبودن سیاستگذاری های علم بر آمایش آموزش عالی» و «ضعف در آموزش های کاربردی و آموزش پژوهش محور» ارائه نمود. همچنین لایه بندی مسائل فوق بر مبنای سه معیار گلوگاهی بودن مسئله، رابطه علت و معلولی بین مسائل و ویژگی برتری و نازسازگاری نشان داد که مسئله «مبتنی نبودن سیاستگذاری های علم بر آمایش آموزش عالی» لایه اصلی در نظام مسائل سیاستگذاری تولید علم نافع محسوب می گردد.