پیوند مباحث خودشناسی و خداشناسی درقرآن کریم و کلمات شریف معصومین(ع) اهمیت «علم النفس» را نزد فیلسوف مسلمان دو چندان کرده است. افزون بر این، آیات الاهی و رهنمودهای معصومان (ع) درباره نفس، افق های جدیدی پیش روی اندیشمند مسلمان قرار داده است. با این وجود، سازگارکردن دستاوردهای عقلی با ظواهر شرع، مسئله ای مستقل و چالشی مهم برای فیلسوف مسلمان به شمار می رود. درحالی که بیشتر متکلمان- به پیروی از ظواهر ادله نقلی- به طرفداری از نظریه «پیدایش نفس پیش از بدن» پرداخته اند، تقریباً همه فیلسوفان مسلمان خلقت نفس پیش از بدن را محال دانسته و به نوعی به حدوث نفس- همراه با بدن یا پس از آن- قائل شده اند. بی شک دیدگاه ملاصدرا، بر دیگر مکاتب برتری دارد؛ چرا که افزون بر همخوانی و سازواری آن با محتوای آیات و روایات با اصول فلسفی نیز سازگاری بیشتری دارد.