فهم باطنی از شریعت در میان عالمان شیعی با فراز و فرودهایی در طول تاریخ همراه بوده است. اگرچه کمتر عالم شیعی می توان یافت که منکر باطن برای دین باشد، نبود توجه کافی به باطن شریعت نوعی ظاهرگرایی افراطی و خشک ضد عرفانی را در میان عالمان شیعی می نمایاند. در این میان، نگاه باطنی شهید ثانی هم سو با رویکرد رایج در میان عارفان مسلمان است. از نگاه وی، اصالت دادن به باطن و تبعی دانستن ظاهر بر اهمیت بُعد باطنی دین می افزاید. بنابر این رویکرد، عالمان رسمی محتاج عالمان حقیقی ای هستند که بر علوم حقیقی اشراف دارند و جایگاه ایشان بسیار برتر از عالمان ظاهری است. به باور شهید ثانی، در میان اعضا و اعمال انسان نیز، قلب و اعمال مربوط به آن اصل و مقصد دین است. وی در مقام فقیهی بنام افزون بر توجه به علوم ظاهری همچون فقه و انجام دادن عبادت ها و فهم قرآن، بدون انکار ظواهر و کاستن از اهمیت آن، همواره جانب باطنِ حقیقت را به عنوان امر اصیل رعایت کرده است. از رهگذر توجه به رویکرد باطنی عالمان و فقیهان بنام امامیه، می توان از خطر ظاهر گرایی که در میان برخی از عالمان اهل سنت و حتی عالمان شیعی درحال رواج است دور ماند.