کسری بودجه پیشی گرفتن مخارج دولت از درآمدهای آن است. از نظر بسیاری از مکاتب اقتصادی وجود کسری بودجه پی درپی نشانه ضعف اقتصادی کشور می باشد و دولت آن کشور لازم است به اصلاحات اقتصادی بپردازد و از طرق مختلف کسری بودجه مستمر را رفع نماید و یا حداقل کاهش دهد. تا زمانی که این امر مهم محقق شود لازم است جهت تأمین مالی کسری بودجه مناسب ترین روش انتخاب شود. روش های مختلفی جهت تأمین مالی کسری بودجه مانند استقراض از بانک مرکزی، استقراض از خارجیان و استقراض از مردم و بخش خصوصی وجود دارد. تحقیق حاضر با توجه به روند رو به رشد استفاده از اسناد خزانه اسلامی در ایران جهت تأمین مالی کسری بودجه به این موضوع پرداخته و تأثیر انتشار این اوراق بر متغیرهای اقتصادی را در مقایسه با تأمین مالی کسری بودجه از طریق استقراض از بانک مرکزی تحلیل نموده است. این مقایسه با استفاده از طراحی الگوی تعادل عمومی پویای تصادفی(DSGE) برای ایران به عنوان یک اقتصادباز انجام شده است. نتایج حاکی از آن است که در مواجهه با تکانه نرخ ارز و تکانه پولی و تکانه نفتی به منظور افزایش سرمایه گذاری، افزایش تولید ناخالص داخلی و کاهش تورم استفاده از اسناد خزانه اسلامی روش مناسب تری می باشد در صورتی که به منظور افزایش مصرف خانوار استقراض از بانک مرکزی روش بهتری در زمان ایجاد تکانه می باشد. هم چنین نتایج نشان می دهد در صورت استفاده از اسناد خزانه اسلامی در اثر ایجاد این سه تکانه، متغیرهای مورد بررسی کمتر از حالت تعادل خود خارج می شوند و در مدت زمان کوتاه تری به تعادل اولیه خود بازمی گردند.