هدف اصلی از نگارش این مقاله شرح روش شناسی تحلیل سیستم های اجتماعی پیچیده با تمرکز بر روش تحلیل سیستم های نوآوری است. در این مقاله تلاش شده نخست سیستم نوآوری، به منزله یک سیستم پیچیده اجتماعی تطابق پذیر، تحلیل شود و سپس، بر این اعتبار، روش شناسی مناسب تحلیل این قبیل سیستم ها تشریح گردد. رویکرد بسط داده شده در این تحقیق مدل سازی عامل بنیان است که مفاهیمی همانند نظریه بازی ها، سیستم های پیچیده، ظهوریافتگی، علوم اجتماعی محاسباتی، سیستم های چندعاملی و روش های مونت کارلو را با یکدیگر ترکیب می کند تا منطقی منسجم برای درک سیستم های پیچیده ارائه نماید. نتایج این بررسی نظری نشان می دهد که درک و تحلیل هر سیستم نوآوری مستلزم به کارگیری روش های متناسب با سیستم های پیچیده است و بهترین رویکرد نظری برای تحلیل سیستم نوآوری مدل سازی عامل بنیان و استفاده از شبیه سازی پویایی های تبادل دانش در شبکه های نوآوری است که از رویکردهای مطرح در مدل سازی عامل بنیان شناخته می شود.
