زمینه: هدف اصلی این پژوهش بررسی موانع اثر بخشی دروس معارف اسلامی در دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی می باشد. روش: جامعه آماری این تحقیق شامل کلیه دانشجویان دانشگاه های شهر کاشان به تعداد 17057 نفر است که به روش نمونه گیری تصادفی طبقه ای تعدا 458 دانشجو به عنوان نمونه انتخاب شدند. یافته ها: یافته ها نشان داد که اگر چه وضعیت کلی اجرای برنامه های درسی معارف اسلامی در دانشگاه ها نسبتا در حدی مطلوب می باشد ولی در عین حال وجود مجموعه ای از عوامل درونی و بیرونی مانع از آن می شوند که دروس مذکور در عمل اثر بخشی و تاثیر گذاری لازم و مورد نظر را بر روی دانشجویان داشته باشند. نتیجه گیری: در بین عوامل درونی مولفه ارزشیابی و در میان عوامل بیرونی عامل اجتماع و شرایط محیطی از نظر دانشجویان عمده ترین موانع اثر بخشی دروس معارف اسلامی می باشد.