امروزه مراکز علمی و پژوهشی با برقراری جریان دانش و اطلاعات و تبادل آن میان بازیگران حوزه صنعت، بستر مناسبی را جهت تولید، توسعه و اشاعه علم و فناوری و ایجاد فضای نوآوری در کشور و صنعت فراهم می سازند. از این رو، مراکز علمی و پژوهشی نیازمند استفاده از شاخص هایی جهت سنجش نوآوری و بلوغ آن می باشند. در این پژوهش پس از مرور ادبیات و نظرسنجی از خبرگان، شش شاخص اصلی شامل: فرهنگ نوآوری، توسعه و زیرساخت نوآوری، شبکه سازی، فرایندهای نوآوری، نیروی انسانی و سیاست ها و راهبردهای یک سازمان علمی و پژوهشی دفاعی شناسایی گردید. پس از تایید شاخص ها، با استفاده از بار عاملی سؤالات، میزان اهمیت هر گویه و با استفاده از میانگین نظرات، وضعیت (عملکرد) گویه مورد نظر شناسایی شد. سپس با استفاده از ماتریس اهمیت- عملکرد متغیرها سنجش گردیده و راهبرد هدایت هر شاخص مبتنی بر تحلیل ماتریس اهمیت- عملکرد پیشنهاد گردید. پژوهش انجام گرفته از نظر هدف کاربردی و از نظر ماهیت و روش پژوهش توصیفی پیمایشی است. نتایج نهایی سنجش نشان می دهد، میانگین تمامی شاخص های نوآوری کمتر از میانگین نظری است و تنها شاخص نیروی انسانی مرکز مورد مطالعه نزدیک به میانگین و از سطح مطلوبی برخوردار می باشد.