هدف پژوهش حاضر بررسی تفکر آیت الله نائینی در مشروطه به عنوان زیربنای نظری حکومت اسلامی می باشد. چراکه ایشان نظام سیاسی مطلوب را فقط از نوع دینی آن می داند. آیت الله نائینی در زمان مصادره مشروطیت به حمایت از مشروطه می پردازد. ایشان معتقد است مشروطه، استبداد را محدود و حق حاکمیت مردم را افزایش می دهد. به این جهت تلاش برای قطعیت مشروطه می نماید. براین اساس این تحقیق با روش توصیفی و رویکرد تحلیل اسنادی به بررسی این موضوع می پردازد که چه رابطه ای بین اندیشه سیاسی آیت الله نائینی و شکل گیری حکومت اسلامی وجود داشته است؟ و اما پاسخی که نویسندگان برای این سؤال در نظر گرفته اند این است که آیت الله نائینی نظام سیاسی امامت شیعی را به عنوان نظام مطلوب سیاسی به جای سلطنت پادشاهی معرفی و نوع حکومت و حاکم را در دوران غیبت که حکومت اسلامی به دست ولی فقیه باشد را معرفی نمود.