هدف این مقاله دستیابی به الگویی مفهومی در انجام مطالعات آسیب شناختی وضعیت مسجد در ایران است. این الگو، محصول مصاحبه با 23 نفر از استادان حوزوی و دانشگاهی و صاحب نظران و پژوهشگران حوزة مطالعات مسجد است. داده های این مصاحبه ها، با روش تحلیل مضمونی، تحلیل و گونه شناسی شده اند. نتایج تحقیق نشان می دهد که مسائل و آسیب های مربوط به نهاد مسجد در سه حوزة کلی قرار می گیرند: 1. حوزه های گوناگون فرهنگی، اجتماعی، سیاسی و اقتصادی؛ 2. عناصر، سازمان ها و نهادهای مرتبط و دخیل در ادارة مسجد؛ 3. نهادها و سازمان های مذهبی و فرهنگی موازی با مسجد. این سه حوزه دربردارندة تمامی مسائل پیرامون مسجد است. براساس الگوی مفهومی پیشنهادی، بسیاری از آسیب ها، علل بروز، پیامدها، و راه کارهای رفع آنها در این سه حوزه قرار می گیرند.