براساس شواهد تجربی، پیامد اعمال سیاست های حمایتی، الزاما صنایع کارآمد و متناسب با پیشرفت های روز تکنولوژی، تخصیص بهینه منابع، حضور موثر در عرصه رقابت بین المللی و استفاده بهینه از فرصت های سودآور نخواهد بود. در صورت عدم بهره برداری مطلوب از حمایت های صورت گرفته در صنایع کارخانه ای، مسیر حرکت منابع کمیاب در جامعه تغییر کرده و قیمت های نسبی دستخوش تغییراتی می شود که نتیجه آن بروز انحراف قیمت و قدرت انحصاری در صنایع کشور است. در این پژوهش با استفاده از روش شناسی هال راجر و تکنیک آرلانو- باند، تاثیر سیاست های حمایتی بر انحراف قیمت در صنایع کارخانه ای ایران بررسی شده است. تخمین روابط با استفاده از دو روش مقطعی و پانل دیتای پویا به روش گشتاورهای تعمیم یافته برای 92 صنعت طی دوره زمانی 1393- 1383 و براساس کد چهار رقمی ISIC انجام شده است. یافته های پژوهش نشان می دهد، بالاترین میزان تعرفه در سال های 83 تا 93 مربوط به صنعت کفش و پوشاک با رقمی معادل صددرصد تعلق داشته و صنعت سیمان و گچ، بیشترین حمایت ضمنی را در بین 92 صنعت مورد بررسی به خود اختصاص داده است. براساس مدل های برآوردی، ساختار متمرکز صنعتی، حمایت اسمی ضمنی، نرخ تعرفه و شدت مانع ورود، تاثیر مثبت و معناداری بر شکل گیری انحراف قیمتی در صنایع کارخانه ای ایران داشته است.