امروزه کشور ما جهت دستیابی به یک رشد و توسعه پایدار و فراگیر و رقابت در عرصه جهانی، نیازمند یک تحول اقتصادی از سطح اقتصاد منبع محور به سمت اقتصاد دانش محور است. در این میان، شرکت های دانش بنیان موتور توسعه و ایجاد چنین تحولی محسوب می شود و نقش پارک های علم و فناوری و مراکز رشد در معرفی و توسعه ی این شرکت ها به بازارهای ملّی و بین المللی انکارناپذیر است. هدف از این پژوهش مدل سازی ساختاری تفسیری چالش های شرکت های دانش بنیان واقع در پارک علم و فناوری فارس می باشد. پژوهش حاضر ازنظر هدف کاربردی و ازنظر روش، از نوع آمیخته اکتشافی (استفاده از روش کیفی تحلیل محتوای کیفی جهت دستیابی به مدل اولیه و استفاده از روش کمی پیمایشی و به کارگیری روش های غربالگری فازی و مدل سازی ساختاری تفسیری) می باشد. نتایج این پژوهش نشان از وجود 26 چالش در 8 بُعد دارد که چالش های عدم تخصص مدیران ارشد پارک، عدم ثبات در مدیریت پارک، بروکراسی شدید بخش ستادی پارک، عدم وجود نظام نظارتی در پارک، عدم وجود نظام انتقادات و پیشنهاد ها در پارک، هزینه اجاره بالا، فقدان نظام حمایتی جامع از شرکت های مستقر در پارک و کمبود امکانات زیرساختی بر کل چالش های شناسایی شده، تأثیر می گذارند. این چالش ها جزء مهم ترین چالش های شرکت های دانش بنیان در استان فارس می باشند.