نظام جمهوری اسلامی، به دلیل ماهیت شیعی آن، بزرگ ترین مانع بر سر راه وهابیت محسوب می شود. از این رو دشمنی با ایران در کانون توجه و مبارزه وهابیان قرار گرفته است. امروزه شواهد مختلفی دلالت بر نفوذ اندیشه های وهابی به داخل کشور مخصوصاً مناطق محروم وجود دارد. در این راستا شناسایی چگونگی نفوذ این فرقه و اتخاذ راهکارهای مؤثر جهت مقابله با آن ضرورت دارد. سوءاستفاده از فقر اقتصادی مناطق محروم، بهره برداری از ضعف اعتقادات دینی مناطق محروم، ایجاد مدارس برای ترویج عقاید وهابیت، اعزام کاروان های تبلیغی و تشکیل گروه های تروریستی ضدشیعی، از مهم ترین شیوه های نفوذ وهابیت به شمار می رود. در مقابل، تبیین صحیح عقاید شیعه، مهیا نمودن مناظره های علمی با مفتی های وهابی، بهبود روابط مسئولین نظام با بزرگان اهل تسنن، مقابله به مثل و طرح تناقضات وهابیت، شناسایی نقاط ضعف وهابیت، محرومیت زدایی از مناطق مرزی، شناسایی و انهدام تشکیلات تبلیغی، ازجمله راهکارهای مقابله با نفوذ وهابیت به شمار می روند.