مابعد طبیعت به طورکلی دانشی حقیقی است که روش اکتشاف در آن، برهان است؛ زیرا صرفاً برهان، مفید یقین بالمعنی الاخص است. با این وصف، برخی مدارس ما بعد طبیعی شکل گرفته در دامنه مکتب حکمت متعالیه صدرالمتألهین، استدلال لمّی را که استدلال از راه علت نفس الأمری است، در فلسفه جاری نمی داند؛ زیرا موضوع فلسفه وجود است و محمولات وجود، همه راجع به وجود بوده و عین آن هستند؛ زیرا حقیقت وجود به دلیل اصالت، غیر ندارد؛ درحالی که وجود، علتی ورای خویش ندارد. در «فلسفه رئالیسم» به مثابه دستگاه ما بعد طبیعی علامه طباطبایی، قسمی از استدلال انّی که از طریق ملازمات عامه است، یقینی دانسته شده و روش اکتشاف در ما بعد طبیعت، برهان انّی از طریق ملازمات عامه قلمداد شده است. در این نوشتار، روش اکتشاف در مابعد طبیعت و این دیدگاه نوآورانه که ریشه در سخنان شیخ الرئیس دارد، در تحلیلی فرایندی و بدیع آشکارسازی شده است.