هدف این پژوهش، بررسی و شناخت موانع پیش روی استقرار واحد حسابرسی داخلی در دانشگاه های دولتی وابسته به وزارت علوم است. به این منظور در پژوهش حاضر به بررسی نظرات نمونه ای 193 نفر از کارشناسان ذی ربط امور مالی دانشگاهی و افراد حرفه ای شاغل در خارج از دانشگاه، پرداخته شده است. با استفاده از آزمون های آماری «t یک نمونه ای» و «تحلیل عاملی» موانع شناسایی و مورد بررسی قرارگرفت. نتایج بدست آمده نشان می دهند که موانع پیش روی استقرار واحد حسابرسی داخلی، در 3 گروه اصلی: «موانع فرهنگی، سازمانی و قانونی»، «عدم شناخت، آموزش و هماهنگی مناسب» و «موانع مرتبط با کارکنان واحد حسابرسی داخلی» جای می گیرند. موانع فرهنگی، سازمانی و قانونی شامل محدودیت های مرتبط با فرهنگ و قوانین حاکم بر محیط جامعه و محیط سازمانی می باشد. همچنین عدم شناخت، آموزش و هماهنگی مناسب، به محدودیت های مرتبط با ابعاد آموزشی که از سوی بخش های درون سازمانی و نهادهای حرفه ای جامعه تحت تاثیر قرار می گیرد، اشاره دارد. از سویی موانع مرتبط با کارکنان نیز به کمبود نیروی متخصص در زمینة حسابرسی دانشگاه ها و عدم اشتغال حسابرسان مستقل باتجربه در زمینة حسابرسی داخلی اشاره می کند. نتایج بدست آمده در این پژوهش می تواند در هر برنامه تحوّل در حسابرسی داخلی بخش دولتی مورد توجه قرار گیرد و موفقیت برنامه را افزایش دهد.