آسیب شناسی درونی مستمر بیداری اسلامی همراه با واقع گرایی و اعتدال موجب خواهد شد تا نقاط ضعف این حرکت مورد ارزیابی قرار گرفته و تلنگری خواهد بود برای کسانی که مسئولیت خطیری در این عرصه به عهده دارند. حرکت بیداری اسلامی در سیر تطور خود با چالش های متنوع و مشترکی روبه رو بوده است که حرکت بیداری اسلامی در اکثر جوامع اسلامی با آن دست و پنجه نرم میکند. ضرورت توجه و برطرف سازی این چالش ها برای ثمردهی حرکت بیداری اسلامی لازم به نظر میرسد. در این تحقیق ما این چالش ها را در دو عرصه فرهنگ و مذهب مورد بررسی قرار میدهیم. در عرصه فرهنگی با چالش های دارای منشأ درونی و بیرونی و در عرصه مذهب با چالش های بنیادین و غیربنیادین مواجه هستیم.