کارآفرینی فرآیند بلند مدَت آموزشی و پرورشی ست که مستلزم برنامه ریزی در نظام آموزشی کشور به ویژه دردانشگاه ها و مراکز آموزش عالی می باشد. بر همین اساس و از سال 1380 وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اقدام به اجرای طرح کاراد (توسعه کارآفرینی در دانشگاه ها) و راه اندازی مراکز کارآفرینی در دانشگاه های تابعه نمود. اما در سطح دانشگاه های علوم پزشکی، مراکزمشابهی که دارای تشکیلات و ساختار سازمانی مشخصی باشد وجود نداشته و علی رغم نیاز مبرم به توسعه ی اقدامات کارآفرینی در این دانشگاه ها،توجَه چندانی به مقوله ی کارآفرینی به عمل نیامده است. روش پژوهش: در این بررسی توصیفی- تطبیقی که با هدف طراحی ساختار سازمانی مراکز کارآفرینی در دانشگاه های علوم پزشکی ایران انجام شد، ده مرکز کارآفرینی دانشگاهی در کشورهای هلند، مالزی و آمریکا، و 12 مرکز در دانشگاه های تابعه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در ایران با ابزارهای گردآوری داده ها شامل بررسی پایگاه های اینترنتی مراکز کارآفرینی، پرسشنامه و مصاحبه مطالعه شدند. یافته ها: یافته های پژوهش شامل شناسایی اهداف، برنامه ها، ساختار، منابع، ارتباطات، نحوه ی ارزیابی، نقاط قوَت، و نقاط ضعف مراکز کارآفرینی مورد بررسی بود که ضمن لحاظ نمودن متغیَرهای مزبور و در نظر گرفتن ساختار و تشکیلات دانشگاه های علوم پزشکی،و شرایط اجتماعی و فرهنگی و سایر مقتضیَات خاصَ کشور، ساختار سازمانی مراکز کارآفرینی در دانشگاه های علوم پزشکی طراحی، و با کمک روش دلفی آزمون؛ و نهایی شد. نتیجه گیری: این بررسی حاکی از ضرورت راه اندازی مراکز کارآفرینی در دانشگاه های علوم پزشکی با ساختار سازمانی منعطف، پویا و علمی ست که متناسب با ماموریت این مراکز طراحی شده باشد. با استفاده از الگوی ارائه شده در این مطالعه، مقدَمات لازم برای راه اندازی مراکز کارآفرینی در دانشگاه های علوم پزشکی فراهم و شرایط مناسب جهت توسعه کارآفرینی در حوزه ی خدمات سلامتی فراهم خواهد شد.