مقدمه: با توجه به نقش مؤثر نمایه کتاب در بازیابی محتوای آن، هدف پژوهش حاضر ارزیابی نمایه کتاب های پزشکی فارسی منتشرشده در سال های 1389 تا 1393 با استفاده از استاندارد ایزو 999: 1996 است. روش کار: روش پژوهش پیمایشی توصیفی است. جامعه پژوهش کلیه کتاب های پزشکی فارسی چاپ اول منتشرشده در سال های مذکور و دارای نمایه است. حجم نمونه 227 عنوان کتاب دارای نمایه است که به صورت تصادفی با استفاده از فرمول حجم نمونه کوکران انتخاب شده است. ابزار گردآوری داده ها چک لیستی است که بر اساس استاندارد ایزو 999: 1996 تهیه شده است. تجزیه و تحلیل داده ها بر اساس آمار توصیفی و با کمک نرم افزار SPSS است. یافته ها: تنها 8/3 درصد از کتاب ها دارای نمایه پایانی هستند. بیشتر کتاب ها دارای نمایه ساده (6/73 درصد) و از نوع نمایه بنیادی (8/93 درصد) هستند. از نظر محتوا و پوشش بیشترین فراوانی مربوط به نمایه موضوع (2/87 درصد) واز نظر سطح بندی، بیشترین فراوانی مربوط به نمایه های تک سطحی (6/73 درصد) است. بیشترین رعایت ملاک های مربوط به محتوا و سازماندهی مربوط به ملاک های مفرد وجمع با فراوانی (2/98 درصد) و کمترین آن مربوط به یادداست دامنه (4/0 درصد) است. بیشترین رعایت ملاک های مربوط به نمایش و تنظیم شناسه ها، رعایت نظم الفبایی (1/99 درصد) و کمترین آن مربوط به رعایت قواعد تورفتگی (6/6 درصد) است. میانگین میزان رعایت استاندارد درکتاب های مورد بررسی 3/49 درصد است. نتیجه گیری: توجه ناشران پزشکی به تهیه نمایه کتاب و تدوین برنامه ها و سیاست هایی از طرف وزارت ارشاد، کتابخانه ملی و ناشران در این زمینه پیشنهاد شود.