مقدمه: شناسایی وگزارش دهی صحیح عفونت های بیمارستانی کانون توجه مراقبت های بهداشتی درمانی می باشد. مطالعه حاضر با هدف بررسی مشکلات گزارش دهی سیستم مراقبت عفونت های بیمارستانی انجام شده است. روش کار: این مطالعه توصیفی تلفیقی(کمی-کیفی) در سال 1390 انجام گردید. در بخش کیفی، پس از انجام مصاحبه های نیمه ساختار یافته، پرسشنامه ای طراحی شد و برای سنجش روایی آن از تکنیک قضاوت خبرگان استفاده شد. در بخش کمی، جامعه آماری پژوهش تمامی بیمارستان های شهر تبریز در نظر گرفته شد و نمونه های پژوهش 77 نفر از اعضای کمیته کنترل عفونت بیمارستان ها بودند که به صورت خوشه ای دو مرحله ای انتخاب شدند. تحلیل یافته های بخش کیفی با استفاده از تحلیل محتوا انجام شد و نحلیل یافته های بخش کمی با استفاده از روش های آماری توصیفی صورت گرفت. یافته ها: نتایج مطالعه نشان داد میزان عفونت بیمارستانی براساس گزارش دهی سیستم مذکور 56/0 درصد بوده است که نشان از کم گزارش دهی عفونت های بیمارستانی دارد. مهمترین علل آن عدم تعهد برخی پزشکان نسبت به ثبت و گزارش علائم عفونت و عدم شرکت فعال آنها در جلسات کمیته کنترل عفونت، عدم پیش بینی سیستمی برای انجام مداخلات و نبود سیستم پیگیری بعد از ترخیص برای بیماران جراحی شده می باشد. نتیجه گیری: جهت رفع مشکلات و گزارش آمار دقیق میزان عفونت های بیمارستانی،باید اعضای کمیته کنترل عفونت با حمایت مدیران ارشد و مشارکت پزشکان کنترل عفونت نقش فعالی را ایفا نمایند. برای برطرف نمودن مشکلات، ضرورت بازنگری در فرآیند گزارش دهی توصیه می گردد.