مقدمه: افزایش هزینه های بهداشتی و درمانی همراه با رشد فزاینده فن آوری و جمعیت و نیز کمبود منابع، ضرورت توجه به مسئله بهره وری را در بیمارستان ها و سایر مراکز درمانی در راستای تأمین، حفظ و ارتقاء سلامت عموم مردم بیش از پیش نموده است. هدف این مطالعه، تحلیل بهره وری بیمارستان های دانشگاه های علوم پزشکی ایران و تهران بود. روش کار: در این مطالعه بهره وری جزئی و نهایی هر یک از عوامل تولید و نیز تغییرات بهره وری کل عوامل تولید بیمارستان های دانشگاه های علوم پزشکی ایران و تهران با استفاده از شاخص های کندریک-کریمر و مالم کوئیست طی سال های 1390-1385 محاسبه گردید. یافته ها: نتایج مطالعه نشان داد در طول دوره موردبررسی، میانگین تغییرات بهره وری کل معادل 012/1 بوده است که دلالت بر کاهش بهره وری در طی دوره موردمطالعه است و میزان این کاهش 2/1 درصد است؛ که دراین بین تغییرات کارایی فناوری بیشترین تأثیر را در کاهش بهره وری نسبت به سایر عوامل داشته است و تغییرات کارایی مقیاس، مدیریتی و فنی در رده های بعدی قرار گرفتند. همچنین در بررسی بهره وری کل با استفاده شاخص کندریک-کریمر ملاحظه شد که بهره وری کل از بهره وری نهاده تخت فعال متأثر می شود. نتیجه گیری: عدم آگاهی کافی کارکنان بیمارستان ها در به کارگیری صحیح فناوری در درمان بیماران، علت اصلی کاهش بهره وری در اثر تغییرات فناوری در بیمارستان های موردمطالعه است. بنابراین، برگزاری دوره های آموزشی برای استفاده صحیح کارکنان از تکنولوژی در تشخیص و مراقبت از بیماران می تواند مفید واقع شود.