مقدمه: با توجه به اهمیت سرمایه گذاری در توسعه نظام سلامت و تأثیر آن بر افزایش بهره وری نیروی کار و تولید، تخصیص بهینه منابع در این حوزه و به تبع آن، ارزیابی عملکرد بیمارستان ها که اصلی ترین واحد عملیاتی این بخش هستند، بسیار حائز اهمیت است. هدف این تحقیق ارزیابی کارایی بیمارستان های دانشگاه علوم پزشکی تهران با استفاده از تحلیل پوششی داده ها می باشد. روش کار: پژوهش حاضر از نظر هدف کاربردی و ماهیتاً پیمایشی-توصیفی است. در این مقاله کارایی نسبی 22 بیمارستان طی سالهای 1388 تا 1390 مورد ارزیابی قرار گرفت. به این منظور از تکنیک تحلیل پوششی داده ها، فرم پوششی و با ماهیت ورودی با فرض بازده متغیر نسبت به مقیاس، استفاده شد. اطلاعات مورد نیاز از منابع مستندات علمی و داده های مربوط به شاخص های ورودی و خروجی نیز از معاونت توسعه مدیریت و برنامه ریزی منابع دانشگاه علوم پزشکی تهران جمع آوری و از نرم افزار DEA Solver برای تحلیل استفاده گردید. یافته ها: میانگین کارایی بیمارستان ها، طی سال های 1388 تا 1390 به ترتیب 0.865، 0.859 و 0.870 بوده و 63 درصد بیمارستان ها از بازدهی به مقیاس ثابت، 27 درصد بیمارستان ها از بازدهی به مقیاس کاهشی و 10 درصد بیمارستان ها از بازدهی به مقیاس افزایشی برخوردار بودند، بنابراین 90 درصد بیمارستان های مورد بررسی، قابلیت توسعه بیش از میزان فعلی را ندارند. در این مطالعه میزان ورودی هدف، برای بیمارستان های ناکارا جهت رسیدن به مرز کارایی و میزان صرفه جویی منابع نیز تعیین گردید. نتیجه گیری: با اجرای این تحقیق، می توان ضمن معرفی الگوهای عملکردی به مدیران عالی بخش سلامت، امکان برنامه ریزی دقیق تر برای توسعه ظرفیت خدمات بهداشتی درمانی و صرفه جویی در منابع را فراهم کرد.