مقدمه: مدیران جهت برنامه ریزی، سازماندهی و بهبود عملکرد سازمان خود، نیازمند اندازه گیری و ارزیابی عملکرد زیرمجموعه های خود هستند. در این مطالعه عملکرد و کارایی نظام مراقبت های اولیه سلامت شهرستان ها در دانشگاه علوم پزشکی کرمان، ایران با استفاده از مدل تحلیل پوششی داده ها مورد ارزیابی قرار گرفت. روش ها: در این مطالعه کارایی 9 شهرستان وابسته به دانشگاه علوم پزشکی کرمان در سال 1399 مورد تحلیل قرار گرفت. جهت ارزیابی عملکرد نظام مراقبت اولیه شهرستان ها از روش ناپارامتریک تحلیل پوششی داده ها استفاده شد. از متغیرهای نیروی انسانی، تسهیلات فیزیکی و وسایل نقلیه به عنوان نهاده ها و تعداد افراد گیرنده خدمت و تعداد خدمات به عنوان ستانده ها برای سنجش کارایی استفاده شد. جمع آوری داده ها به طور میدانی و با استفاده از چک لیست انجام شد. با استفاده از نرم افزار DEAP 2.1 داده ها آنالیز و عملکرد و کارایی با رویکرد حداکثرسازی ستانده ها و با فرض بازدهی متغیر نسبت به مقیاس به صورت برنامه ریزی خطی در 9 سناریو محاسبه شد. یافته ها: متوسط کارایی فنی شهرستان های مورد مطالعه با فرض بازدهی متغیر نسبت به مقیاس (BCC)، 68/0 بود، که نشان دهنده ی وجود حداقل 32 درصد ظرفیت افزایش کارایی در نظام مراقبت های اولیه دانشگاه علوم پزشکی کرمان بدون هیچ گونه افزایش در نهاده ها می باشد. بر اساس مقادیر میانگین شهرستان کرمان کارا و 8 شهرستان دیگر (89%) ناکارا بودند. شهرستان های شهربابک، بافت و ارزوئیه کمترین میزان کارایی را داشتند. نتیجه گیری: نتایج بیانگر وجود ناکارآمدی در اکثر نظام های مراقبت اولیه مورد مطالعه بود، که نشان دهنده ی آن است مدیران مراقبت های اولیه می توانند با مدیریت صحیح منابع موجود خدمات بهداشتی بیشتری به جامعه ارایه نمایند. شهرستان های ناکارا می توانند به مقایسه ی خود با شهرستان های موفق و مرجع پرداخته و نسبت به رفع نقایص و بهبود عملکرد خود بپردازند.