یکی از فرضیه های اساسی در توضیح ناکارایی نظام بانکی وجود تعارض منافع مخرب در آن است. هدف این پژوهش تحلیل و ریشه یابی این تعارض منافع و ارائه رویکردهایی برای حل آن است. بر این اساس، یک مدل بازی در چارچوب نظریه نهادگرایی و با نگاه کل نگرانه، برای تشریح رفتار بازیکنان فعال در نظام بانکی توسعه داده شد و وضعیت های تعادل آن، با استفاده از روش گراف، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج نشان داد وجود تعارض منافع یکی از مهم ترین علل ناکارایی و ناپایداری این نظام در انجام کارکردهای مورد انتظار از آن است که عمده ترین پیشران های آن انحراف در قیمت های نسبی، ناشی از بیماری هلندی و کوتاه بودن افق تصمیم گیری در سطح کلان و میانی حکمرانی این نظام است. به منظور بررسی کارکردهای نهادی مورد نیاز برای حل این تعارض منافع، از روش تحلیل بازی معکوس استفاده شد. نتایج بررسی نشان داد، استقلال سیاست گذار پولی از دولت، کاهش وابستگی بودجه دولت به نفت، شفاف سازی هزینه های دوره عمر اقدامات سیاستی کلان، رویکردهایی برای حل این تعارض منافع است. در شرایط ناکامی برای اصلاح انحراف در قیمت های نسبی، بانک مرکزی باید از قدرت حکمرانی خود برای مهار نیروهای بازار از طریق اجرای رویکرد هایی مانند "ارتقای سیستم نظارت" و یا، "اصلاح ساختار بازار" استفاده بیشتری نمایند.