ولایت امر به معنای اداره امور جامعه اسلامی است و اداره ی جامعه، مستلزم تأسیس نهادهای لازم و وضع قوانین و صدور احکام در مواردی است که حکم شرعی وجود نداشته باشد؛ ولی امر به اقتضای ولایت خود، حق دارد و بلکه موظف به وضع قانون و تأسیس نهادهای لازم برای اداره ی جامعه است. مردم نیز شرعاً مکلف به اطاعت از احکام صادره و قوانین موضوعه از جانب ولی امر مانند دیگر احکام و قوانین شرعی هستند. بنابراین، با توّجه به نقش رهبری در جامعه اسلامی ایران، بدیهی است که در حوزه های مختلف، اجرای برخی از امور وابسته به نظر مستقیم رهبری باشد، که بخش هایی از آن نیز در قوانین کیفری-تنبیهی متصور است. مصادیقی از قوانین کیفری از قبیل عفو، تنفیذ حکم و تبدیل آن از بارزترین مصادیق وابسته به نظر رهبری در قانون مجازات اسلامی هستند. علت وابستگی این مصادیق از مبانی فقهی برخوردار هستند و این اختیارات رهبری در امر حکومت داری و به ویژه در حوزه ی حقوق جزا، دارای مبانی فقهی مصرح در فقه می باشد و صدور حکم حکومتی بر اساس مصلحت، نتیجه تفکیک ناپذیری مقام رهبری است؛ به شکلی که اگر رهبر در باب حکومت داری، دارای این اختیار نباشد؛ نظم جامعه اسلامی با معضلات اساسی روبرو خواهد بود و شیرازه ی نظام سیاسی از هم خواهد پاشید.