در کتاب تعلیقات ـ که به احتمال زیاد حاصل درس نوشته های شاگردان شیخ الرئیس است ـ تلاش می شود تا به پارادوکسی در خصوص علم به جوهر پاسخ داده شود. این پارادوکس را می توان بدین صورت بازسازی کرد که اگر با علم به شیء، عین ماهیت آن به ذهن می آید، آن گاه وقتی به جوهری علم پیدا می کنیم باید عین ماهیت آن، که جوهر است، به ذهن بیاید. از طرف دیگر، در فلسفه مشاء، علم از کیفیات نفسانی و از اعراض است. بدین ترتیب، با تناقضی مواجه می شویم که علم ما به جوهر هم باید جوهر باشد و هم باید عرض باشد و جوهر نباشد. پاسخ تعلیقات به این پارادوکس آن است که آن چه جوهر است، مفهوم جوهر است که همان «در موضوع نبودن» است و آن چه عرض است، علم ما به جوهر است که از کیفیات نفسانی است. بنابراین موضوع در دوگزاره به ظاهر متناقض عیناً یکی نیست، بلکه در یکی مفهوم جوهر است و در دیگری مصداق ذهنی جوهر. از این جا معلوم می شود که پاسخی که صدرالمتالهین با به کارگیری مفاهیم حمل اولی ذاتی و حمل شایع صناعی به این پارادوکس (و پارادوکس های مشابه، مانند پارادوکس معدوم مطلق و یا کلی و جزئی) مطرح می کند، در آثار شیخ الرئیس سابقه دارد.
سید حیدر آملی دیدگاه خود در باب معرفت شناسی را بر وجودشناسی تثلیثی قرار داده و با طرح مباحث تثلیث در معرفت شناسی، به یک نوآوری دراین باره دست زده است.
از مهم ترین نکاتی که علامه سید حیدر در معرفت شناسی بر آن تکیه کرده اینکه، ایشان همواره معرفت را یک حقیقت واحد می داند که دارای سه مرتبه اصلی است که این مراتب نیز به صورت تشکیک است. وی از این نکات کمک می گیرد تا نزاع ظاهری فهم های متفاوت در حوزه عرفان، ازجمله نزاع بین صوفی و شیعه را برطرف نماید.
علامه سید حیدر تثلیث هایی را در باب معرفت شناسی با عناوین خاصی چون «شریعت، طریقت و حقیقت»، «رسالت، نبوت و ولایت»، «اسلام، ایمان و ایقان» و «وحی، الهام و کشف» مطرح می کند و با بسط کلام و دقت کافی و اندیشه ناب، درباره آن به سخن می پردازد. بدیهی است تثلیث در باب معرفت، مبتنی بر تثلیث در وجودشناسی اوست. در این نوشتار به تحلیل و بررسی نگاه تثلیث گونه او در باب معرفت شناسی پرداخته و به کلید حل تفاوت در فهم ها و معرفت ها اشاره خواهیم کرد.
در آثار صدرالمتألهین و میرداماد حیثیات با ملاک جزء موضوع بودن یا خارج از موضوع بودن حصر عقلی در دو معنا می یابند، که اصطلاح حیثیت تقییدیه برای حیثیتی که جزء موضوع است (اعم از جزء حقیقی در مرکب حقیقی یا جزء اعتباری در مرکب اعتباری) و اصطلاح حیثیت تعلیلی برای حیثیتی که خارج از موضوع است، وضع گردید. جدای سخن از ملاک تقسیم که خود به صورت واضح معنای حیثیت تقییدیه را روشن می کند، استعمال «حیثیت تقییدیه» در معنای جزء موضوع، در آثار میرداماد و صدرالمتألهین کاشف از آن است که این اصطلاح در دوره های بعدی دستخوش تحریف گشته و مساوی با «واسطه در عروض» دانسته شده، و در هیچ جا به این که اصطلاح حیثیت تقییدی بر معنای جدید وضع شده، اشاره نشده بلکه وانمود می شود که حکمای پیشین نیز حیثیت تقییدیه را در این معنا به کار می برده اند. حتی با فرض این که گفته شود، فیلسوف را با لفظ کاری نیست، به طور کلی واسطه در عروض را نمی توان حیثیتی از موضوع دانست.
اثبات تجرد مثال متصل با اثبات وجود عالم مثال ملازمه دارد و با اثبات تجرد یکی، وجود تجرد دیگری نیز اثبات می شود. بر این اساس ابن سینا با قائل شدن به مادی بودن خیال متصل، وجود مثال منفصل را نیز منکر است. از آنجایی که اساس براهین ابن سینا در اثبات مادی بودن قوه خیال مبتنی بر وضع و محاذات داشتن صور خیالی است، در پژوهش حاضر بیان می گردد که این ویژگی مختص جسم مادی از جهت مکان و زمان دار بودن است و اجسام مثالی این خصوصیت را ندارند و لذا با حواس ظاهری ادراک نمی شوند. با اثبات حرکت جوهری، ماهیت واحد به انحای متفاوت وجودی متصف می شود و مراتب مختلف مادی، مثالی و عقلی را طی می کند. ازاین رو، براهین ابن سینا در ابطال مثال منفصل که مبتنی بر امتناع فرد مجرد و مادی داشتن یک ماهیت و عدم علّیت فردی از آن نسبت به افراد دیگر است، صحیح نیستند.