از آنجا که برخی از مبانی حاکم بر علوم جدید با مبانی معرفتی اسلامی تعارض دارد، ورود علوم جدید، به ویژه علوم انسانی به کشور ما، از ابتدا چالش هایی را به همراه آورد.. عده ای راهکار را در تولید «علم دینی» معرفی کردند. از این رو، مهم ترین سؤال این است که «علم دینی» به چه معنا و تحت چه شرایطی ممکن است؟
مبانی معرفتی امکان علم دینی، به دو دسته مبانی علم شناختی و مبانی دین شناختی تقسیم میشود. در محور اول، سه چالش وجود دارد: یکی، اینکه هویت علم و معرفت در گروی بهره مندی از روش تجربی قرار گرفته است. دوم، اینکه ارزش ها کاملاً خارج از حوزه علم و معرفت دانسته شده و سوم، اینکه هرگونه ورود معرفتی پیش فرض ها به عرصه علم نفی شده است. در محور دوم، مهم ترین چالش، تبیین معرفت زا بودن گزاره های موجود در متون دینی است. با پذیرش این امر، قلمروی دین با علم تداخل جدی دارد. از این رو، علم دینی نه تنها ممکن است، بلکه اساساً علم نمیتواند به گزاره های دینی بیاعتنا باشد. از این رو، مفهوم «علم دینی»، نه از حیث «علم» بودن و نه از حیث «دینی» بودن به هیچ تناقض و نابسامانیای مبتلا نمیباشد.