اجرای ناقص سیاست ها، از مشکلاتی است که تمام کشورها، چه پیشرفته و چه در حال توسعه با آن مواجه اند. از منظر دانش سیاست گذاری، دلیل عمده این موضوع، عوامل بازدارنده اجرای سیاست ها در سطوح مختلف هستند. پژوهش حاضر با هدف شناسایی عوامل بازدارنده اجرای اسناد سیاست علم وفناوری در کشور با تاکید بر نقشه جامع علمی کشور به عنوان یک سند کلان و سند توسعه هوا و فضای کشور، سند علوم و فناوری های سلول های بنیادی و سند گیاهان دارویی به عنوان سه سند بخشی ذیل آن انجام شد. در این راستا، روش ترکیبی با دو مرحله کیفی و کمی مورد استفاده قرار گرفت. در بخش کیفی، با بررسی مطالعات پیشین، موانع اجرای سیاست ها در قالب یک چارچوب طبقه بندی شد و سپس با مصاحبه و بهره گیری از تجربه ها و دیدگاه های تعدادی از سیاستگذاران و مجریان اسناد یادشده، فهرستی از موانع، تهیه، اصلاح و تکمیل گردید. در بخش کمی، برای تعیین وزن هر یک از موانع شناسایی شده، پرسش نامه ای تهیه و با استفاده از روش نمونه گیری هدفمند بین 31 نفر از خبرگان و مجریان سیاستگذاری کشور توزیع گردید. بر اساس این نظرسنجی، عمده موانع موجود بر سر راه اجرای اسناد سیاست علم وفناوری عبارتند از: معضل اولویت گذاری، به گونه ای که کلیه اقدامات ذکر شده در سند، دارای اولویت هستند، عدم استفاده از نتایج آینده نگاری در تدوین اسناد، عدم انطباق پذیری سیاست ها با چالش های موجود، عدم شبکه سازی میان سیاستگذاران، حاکمیت نکردن سیاست های فرادستی، نبود نگاه فرابخشی، ساختار دیوان سالاری جزیره ای و نبود نگاه بلندمدت به مدیریت و راهبری برنامه های سیاستی. به این ترتیب، این مقاله سعی دارد تا در شناسایی و تحلیل موانع بازدارنده اجرا در ظرف و زمینه ایران گامی جدید بردارد و با روش علمی، به آسیب شناسی اجرای اسناد سیاستی علم وفناوری در کشور بپردازد.