بحث حاکمیت اسلامی در بین دو مکتب فقهی بزرگ اسلام، ازجمله مسائل چالش برانگیز در تاریخ اجتماعی مسلمین و سرچشمه ی بسیاری از اختلافات درونی امت اسلامی بوده است. ضرورت برپایی حکومت اسلامی، لزوم اجرای احکام خدا و رویه ی پیامبر اسلام در تشکیل حکومت مورد اتفاق است؛ اما منشأ اختلاف دو مکتب در بحث مشروعیت و مقبولیت حکومت اسلامی است. در مورد مشروعیت، شیعه معتقد به انتصابی بودن امامت و در مورد چگونگیِ به فعلیت رسیدن آن یعنی بحث مقبولیت، آن را مشروط به پذیرش و اقبال عمومی از طرف مسلمین می داند؛ درحالی که اهل سنت معتقد به انتخابی بودن خلافت هستند و آن را از طرق مختلف از جمله: شورا، استخلاف، انتخاب اهل حل و عقد، بیعت و استیلا هم جایز می دانند. مبانی مشروعیت اهل سنت پسینی و مبتنی بر وقایع تاریخی است. از دیدگاه اهل سنت، حکومت اسلامی بعد از پیامبر دیگر انتصاب خدا و پیامبر نبوده و به مردم واگذارشده است؛ ولی اعتقاد شیعه بر این است که حکومتِ حق، حکومت ولایی است به این معنی که حقِ حاکمیت تنها از آنِ خداوند است و به هرکسی که شایسته بداند تفویض می کند. با توجه به این که اغلب علمای اهل سنت، اجتهاد و فقاهت را ازجمله شرایط حاکم اسلامی می دانند، وجه اشتراک مهمی با نظریه ی ولایت فقیه در شیعه پدیدار می شود که نقطه ی اتکا خوبی برای رسیدن به وحدت اسلامی است. نظریه ی «ولایت فقیه» در شیعه از دو بخش «ولایت و فقاهت» تشکیل شده که با نظریه ی «خلافتِ با شرط فقاهت» نزد اهل سنت، دارای وجه اشتراک در «فقاهت» است؛ البته لفظ خلافت نزد شیعه معادل امامت و ولایت بوده و برای معصومین که منصوب خداوند هستند به کار می رود. درمجموع می توان نتیجه گرفت که حکومت مطلوب شیعه (در زمان غیبت امام معصوم7)، ولایت فقیه و حکومت مطلوب اهل سنت، خلافت فقیه است که این یک اختلاف لفظی است.