در طول تاریخ، برخی حکومت های محلی با عناوین گوناگون در کنار حکومت های مرکزی ظهور می کردند و تا مدت ها، حکومت می کردند. حکومت های فقهی علمای شیعه از این نوع حکومت های محلی است. در این تحقیق به حکومت فقهی سید محمدباقر شفتی در اصفهان پرداخته شده و زمینه های شکل گیری و شیوه مدیریت او با روش توصیفی - تحلیلی و بر اساس متون کتابخانه ای موردمطالعه قرارگرفته است. ازآنجاکه عمده تاریخ سیاسی - اجتماعی ایران معاصر توسط روشنفکران و با مبانی و روش های روشنفکری نگارش شده است، نقش تأثیرگذار بسیاری از عالمان دینی به ویژه فقها در آن دیده نشده است. این تحقیق ضمن پررنگ کردن نقش فقیهان شیعه در اداره جامعه ایران به ویژه در دو مقطع زمانی که دولت مرکزی عمدتاً به دلایل دخالت های استعمارگران در وضعیت بحرانی به سر می برد، درصدد است تا الگوهای مدیریت فقهی مناسب دوره قاجاریه را مورد ارزیابی قرار دهد. یافته ها نشان می دهد که حمایت علما، بزرگان، تجار و بازاریان در حکومت سید شفتی نقش ویژه ای ایفا کرده است، همچنین در شیوه مدیریت فقهی خود، به دنبال پیاده سازی دین و فقه شیعه در بستر جامعه و مبارزه با استبداد و ظلم و حمایت از محرومان منطقه خود بوده است.