برخی اندیشمندان میان «اعجاز» قرآن در اصطلاح متکلمان و «الهی بودن» این کتاب فرق نهاده، در همسویی اندیشه اعجاز قرآن با آیات قرآن تشکیک کرده اند. از سوی دیگر بعضی دانشمندان برای دفاع از اعجاز ذاتی قرآن در برابر اندیشه «صرفه»، دلالت آیات موسوم به تحدّی را کافی ندانسته و بر اجماع امّت تکیه دارند. گویا نقش قرآن به عنوان سرچشمه اندیشه کلامی اعجاز قرآن چندان شناخته نیست. در این پژوهش با استناد به بیان های گوناگون قرآن روشن می شود که این کتاب آسمانی، همه مولفه های مذکور در تعریف کلامی معجزه را دارد؛ یعنی علاوه بر الهی بودن، خارق العاده و موجب اتمام حجّت است. در نتیجه، ریشه قرآنی اندیشه اعجاز قرآن به آیات تحدّی محدود نیست بلکه تعبیر های گوناگونی در قرآن مانند اطلاق لفظ آیه بر عبارت های قرآن و بر معجزات پیامبران پیشین بر خلاف کتب آسمانی دیگر، اوصاف شگفت انگیز قرآن، شهادت قرآن بر رسالت پیامبر(ص)، ارجاع به قرآن دربرابر درخواست معجزه از سوی کافران، ... مبیّن اعجاز ذاتی این کتاب آسمانی است.
یکی از مباحث مهم در عرصة قرآن پژوهی جستجو از حقیقت و ماهیت قرآن ورای ظاهر و ساختار کنونی آن است. پاسخ به این پرسش برای حل مسائلی همچون تعدد و نزول قرآن بسیار راهگشاست. صدر المتألهین شیرازی هم رأی با گروهی دیگر از اندیشه وران قرآنی معتقد است قرآن از عالم امر به عالم خلق فرود آمده است و بدین خاطربه آن قرآن و فرقان گفته می شود. به خاطر ویژگی های عالم امر، قرآن دارای هویت و حقیقت ماورایی بحث و بسیط است و پس از نزول به علم خلق و بنا به ضرورت و مقتضیات عالم ماده، در کسوت الفاظ و عبارات در آمده است. این مقاله به بررسی و نقد دیدگاه صدر المتألهین در این زمینه می پردازد.