یکی از اهداف اصلی پژوهش های دانشگاهی، پاسخ به نیازهای علمی جامعه است. در وهله نخست، آنچه موجب اعتماد و ایجاد ارزش به منظور بهره مندی از این پژوهش ها توسط ذی نفعان می شود، کیفیت علمی آنهاست. درصد قابل توجهی از پژوهش های انجام شده در دانشگاه ها، رساله های دورة دکتری هستند که با صرف زمان و بودجه قابل توجه توسط دانشجویان این دوره انجام می شوند. پژوهش کیفی حاضر با هدف کشف و شناسایی چالش های «کیفیت علمی رساله های دوره دکتری» در دانشگاه های ایران براساس دیدگاه و تجربیات استاد و دانشجو، به عنوان دو مؤلفه اصلی در انجام پژوهش های دوره دکتری با استفاده از روش پدیدارشناسی انجام شده است. داده ها از طریق مصاحبه جمع آوری و براساس مفهوم نظری «زنجیره ارزش» مورد تحلیل قرار گرفته است. یافته های این پژوهش نشان می دهد چالش کیفیت در رساله های دکتری، دارای ابعاد چندگانه و چندلایه در هم پیچیده ای از عوامل (دانشجو، استاد، مدیران و سیاست گذاران)، ساختار سازمانی، رویه ها، قوانین و عوامل محیطی دیگر است. افزون بر این، جریان قدرتمند و شتابان دیگری، همزمان در لابه لای این لایه ها شکل گرفته که هم متأثر از آنها و هم تأثیرگذار بر آنهاست. مواردی از رفتارهای غیردانشگاهی که ضمن خدشه دار کردن هویت علمی دانشگاه ها تبدیل به چالشی عمده برای کیفیت رساله های دکتری در ایران شده است.