طرح کلی دین اسلام یکی از دغدغههای آیتالله خامنهای است و در آثار مختلف به تبیین این مهم پرداختهاند. ایشان بر پایه کتاب و سنت، سعی کرده است تا مهمترین معارف اسلام را در ساختاری هندسی و هماهنگ طبقهبندی کند تا از این طریق بتواند اسلام را به عنوان طرح و مسلکی اجتماعی دارای اصولی منسجم و یک آهنگ و ناظر به زندگی جمعی انسانها تبیین کند و از این طریق زمینه برای کشف نظریه اسلام برای جامعه و حکومت اسلامی و هویتبخشی به مسلمین فراهم شود. ایشان با استناد به قرآن کریم و سیره معصومین؟عهم؟، توحید را محور طرح کلی دین میداند که در اطراف آن شبکهای از مفاهیم و معارف زندگیساز در سه عرصه جهانبینی، انسانشناسی و خط مشی اجتماعی شکل میگیرد.
در «بداء» دو نظر وجود دارد. امامیه «بداء» را از ارکان اصیل عقاید اسلامی می دانند که چهار دلیل بر این مدعا می توان اقامه کرد و مهم ترین آنها آیه محو و اثبات است. علمای اهل سنت به شدت با این عقیده مخالف اند و بر آن اند که «بداء» موجب علم بعد از جهل می شود و این درمورد خداوند روا نیست. معنای لغوی «بداء» همان ظهور بعد از خفاست، البته امامیه چنین معنایی را قصد نمی کنند؛ معنایی که آنان از «بداء» اراده می کنند «تغییر مسیر آدمیان با اعمال آنان است» و این مطلب مورد قبول همگان است. لذا آنچه انکار شده است مورد اعتقاد نیست و آنچه مورد اعتقاد است نفی نشده است. بدین جهت این نزاع بیشتر نزاعی لفظی است تا نزاعی معنوی.
نحوه ارتباط انسان با پیرامون خویش که ذهن هر اندیشنده ای را به خود مشغول می دارد، در فلسفه عمدتاً ارتباط «من» و «او» یا «خود» و «دیگری» تعبیر می شود. «من» با ادراک از «من» یا خودآگاهی عجین است. خودآگاهی در دیدگاه فلاسفه اسلامی از جمله علوم حضوری به حساب می آید. این نوشتار مدعی است که اگرچه از دیدگاه ملاصدرا نیز علم به خود به نحو حضوری است، اما مبانی و پاره ای از شواهد در دیدگاه ملاصدرا دریافت نوینی از خودآگاهی موردنظر وی عرضه می دارد. در این دریافت، «غیر» یا «دیگری» نقش عمده ای در تکون «من» و تکامل آن دارد؛ به نحوی که مراتب آگاهی انسان متناسب با ادراک از «غیر» تکامل می یابد؛ تا آنجا که بالاترین مرتبه از معرفت «نفس» یا «خود»، معرفت به بالاترین مراتب از «غیر خود» که همان رب اوست، محسوب می شود.
امامان علیهم السلام جانشینان خدا در نظام هستى اند. بیشترین آشنایى شیعیان با آنها مربوط به مقامات ایشان در همین نظام مادى است. درحالى که در این دنیا به دلیل وجود محدودیت ها، امکان تجلّى تمام مقامات ایشان نیست. این نوشتار، با رویکردى عمدتا حدیثى، به بررسى و تحلیل شئون و مقامات اخروى امامان علیهم السلام در سه مقطع برزخ، قیامت و بهشت مى پردازد. بر اساس مهم ترین یافته هاى این تحقیق، امامان علیهم السلام در هر سه عالم، حجت خدا بر بندگان بوده، شئونى خاص و ویژه دارند که وساطت فیض، حساب رسى اعمال بندگان، تقسیم بهشت و دوزخ از جمله آنهاست.