علامة طباطبایی به عنوان فیلسوفی مأنوس با کتاب و سنت، نظریة خداشناسی و دین فطری را از منابع دینی اقتباس کرده و در راه تبیین عقلانی آن کوشیده است. خداشناسی فطری براساس ادراک احتیاج به موجودی غیر محتاج، شناخت خداوند از طریق نظم جهان، شناخت خداوند از طریق علم حضوری معلول به علت و خداشناسی از طریق علم به ثبات واقعیت تقریرهایی است که علامه در مواضع مختلف از خداشناسی فطری ارائه کرده است. وی همچنین انسان را فطرتاً خداگرا می داند و این گرایش فطری را بر اساس محبوبیت فطری پروردگار، گرایش فطری به تأمین کنندة سعادت، امید فطری به خداوند در شداید و ... تبیین می کند. علامه دین اسلام را فطری معرفی می کند. وی در تفسیر این انگاره، گاه تلاش می کند تا اصول اعتقادی اسلام را از طریق تمسک به مقتضیات فطرت اثبات نماید و گاه در صدد برمی آید با تبیین های ویژة خود، مجموعة معارف اسلام(شامل اعتقادات، اخلاقیات و احکام) را متناسب با ساختمان وجودی انسان معرفی کند.
