ولایت فقیه و نیابت عامه فقها و نیابت خاصه اصحاب، از عصر ائمه در کلام و سیرة عملی آنها جریان داشته است. در عصر غیبت نیز در کتابهای مختلف فقهی بحث ولایت و نیابت عامة فقها مطرح شده است. سؤال اصلی این تحقیق آن است که تحقق عملی ولایت فقیه در عصر غیبت چگونه بوده است؟ آیا ولایت فقیه در مقام عمل، فقط در دوران جمهوری اسلامی اجرا شد یا سابقة تاریخی هم دارد؟ برای پاسخ به این سؤال به بررسی تاریخی این مسأله در دوران معاصر که دوران حاکمیت سلاطین شیعه بوده، پرداخته ایم و میزان حضور عینی و عملی فقها در حکومت و اعمال ولایت آنها را بررسی کرده ایم. فرضیه این تحقیق آن است که از زمان ظهور صفویه تا تأسیس نظام جمهوری اسلامی، به دلیل شکل گیری حکومت شیعه و رسمیت تشیع، فقهای شیعه بسیار بیشتر از گذشته در حد مقدور به اعمال ولایت پرداخته اند و مناصب حکومتی فقیه را بر عهده گرفته اند. هر چه از دوره صفویه به دوران جمهوری اسلامی نزدیک تر می شویم این قدّر مقدور، افزایش یافته و مناصب بر عهده گرفته شده توسط فقها بیشتر شده تا اینکه در نظام جمهوری اسلامی به اوج خود رسیده و به طور رسمی، ساختار حکومت بر مبنای ولایت فقیه طراحی شده و مقام اول رسمی مملکت، شخص ولی فقیه قرار داده شده است.