شهید سیدمحمد باقر صدر در نظریه مشهور منطقه الفراغ، این مفهوم را به گونه ای به کار برده است که موجب بدفهمی، سوء تعبیرها و گاه سوء استفاده در زمینه اختیارات ولی امر قرار گرفته است. در این نوشتار، این پرسش کلیدی مطرح است که نسبت نظریه مذکور با احکام حکومتی ـ به عنوان تبلور اختیارات ولی امر ـ چیست؟ در تقریر ایشان از این نظریه، اختیارات خاص ولی امر و دولت اسلامی نسبت به احکام غیر الزامی، مورد توجه قرار گرفته است. اما این مفهوم، مقتضی آن نیست که احکام الهی در عالم تشریع و ثبوت، ناقص تشریع شده باشند. بنابراین، اختیارات خاص ولی امر که در مفهوم منطقه الفراغ مورد توجه قرار گرفته اند، به منزله عبور از اندیشه اسلامی و فراگیری احکام الهی نسبت به همه امور، نمی تواند تلقی شود؛ چرا که اختیارات حاکم اسلامی در صدور احکام حکومتی، محدود به احکام غیر الزامی شرع نیست؛ بلکه ولی امر در چارچوب خاصی می تواند به صدور احکام حکومتی در این قلمرو نیز بپردازد.