نقش کلیدی پروژه های زیرساخت دولتی در ارتقاء رشد ناخالص ملی و نیل به توسعه یافتگی و همچنین حجم عظیم سرمایه گذاری موردنیازِ این دست پروژه ها، اهمیت اجرای کارا و اثربخش آنها را دوچندان ساخته است. مدیریت موفق این پروژه ها و خلق ارزش مطلوب از آنها در جهت منافع عمومی، در گرو حاکمیت خوب مجموعه پروژه ها می باشد که در سطحی کلان-تر از تک پروژه و در قالب پورتفولیوها اعمال می شود. بهره گیری از اصول حاکمیت خوب در این سطح، منجر به ارتقاء عملکرد پورتفولیو و نتایجی چون تخصیص بهینه ی منابع به پروژه ها در راستای ملزومات استراتژیک سازمان می شود. اما اعمال چنین حاکمیتی در بستر پیچیده دولتی، با موانعی افزون تر از بخش خصوصی مواجه است که شناسایی و تحلیل این موانع، راه را برای طراحی مدل های حاکمیتی متناسب هموار می سازد. برای تحقق این امر، از تجارب 18 نفر از خبرگان با سابقه 15 تا 25 سال تصدیِ پست های کلیدی تأثیرگذار بر حاکمیت پورتفولیوهای زیرساخت بهره گیری شد که به عنوان جامعه پژوهش و با نمونه گیری هدفمند انتخاب شدند. پژوهش حاضر از لحاظ هدف کاربردی-توسعه ای و از نوع پژوهش کیفی بوده و با روش شناسی پدیدارشناسی انجام شده است. داده های موردنیاز از طریق مصاحبه های نیمه-ساختاریافته جمع آوری و سپس تحلیل شدند. طبق نتایج پژوهش، موانع حاکمیت خوب پورتفولیوهای پروژه های زیرساخت در پنج گروه شامل: موانع رفتاری، موانع سازمانی، موانع اعتباری، موانع کلان ساختاری و موانع کلان راهبردی دسته بندی و در قالب یک الگوی ساختاری سه لایه ای ترسیم شد.