هدف پژوهش حاضر، تحلیل پیوند وب سایتهای دانشگاهی ایران و تعیین ویژگیهای شبکه هم پیوندی و میان پیوندی آنهاست. روش به کار رفته در این پژوهش، تحلیل پیوندهاست که یکی از روشهای وب سنجی است. جامعه پژوهش حاضر، 43 وب سایت دانشگاه های تحت وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است که در «فهرست 100 سازمان برتر ایران در پایگاه «Web of Science (WOS)» آمده اند. این وب سایتها در یک دورة زمانی یک ماهه با استفاده از موتور کاوش آلتاویستا بازیابی و به منظور تحلیل پیوندهای آنها بر روی رایانه شخصی بارگذاری گردید. پیوندهای دریافتی، پیوندهای کل، خودپیوندیها، هم پیوندیها و میان پیوندیهای این وب سایتها به منظور تعیین میزان رؤیت، تأثیرگذاری و همکاری آنها در سطح ملی و بین المللی در محیط وب، تحلیل گردید. برای تجزیه و تحلیل داده ها، از نرم افزار Excel و بخش دسته بندی خوشه ای و تحلیل چند متغیره نرم افزار SPSS نسخه 16 استفاده شد. نتایج پژوهش نشان داد وب سایتهای دانشگاه های صنعتی شریف، تهران، علم و صنعت ایران، امیرکبیر، فردوسی مشهد و دیگر دانشگاه های مستقر در شهرهای بزرگ و دانشگاه های رتبه برتر از نظر تعداد مقاله های ISI، در مقیاسهای وب سنجی این پژوهش رتبه های برتر را کسب کرده اند که در مورد ضریبهای تأثیرگذاری وب، این نتیجه کاملاً برعکس است. همچنین، تفاوت بسیار کمی از نظر مقادیر عوامل تأثیرگذاری و داده های پیوندی وب سایتها در بین موتورهای کاوش آلتاویستا، آل دوب و یاهو دیده شد. بررسی الگوی پیوند وب سایتها از نظر نوع سایت نشان داد دامنه های ir، ac.ir و com بیشترین میزان پیوند را به وب سایتهای دانشگاهی ایران داشته اند. دسته بندی خوشه ای، وب سایتهای دانشگاهی را در 5 خوشه و تحلیل متغیره در 4 دسته به صورت هم پیوند نشان داد. نتایج نشان داد تعداد صفحه های وب سایت، تعداد صفحه های PDF با محتوای علمی و تعداد مقاله های ISI و بعضی از عوامل اجتماعی، فرهنگی، سیاسی، زبانی، اقتصادی، پژوهشی و ... میتواند بر میزان رؤیت وب سایتهای دانشگاهی ایران در وب تأثیرگذار باشد